Bến Tre đã có từ thời nhà Nguyễn và trở thành trung tâm hành chính kể từ khi Pháp đặt dinh tham biện (inspection) đầu tiên bên bờ rạch Bến Tre - viên tham biện đầu tiên là De Champeaux.

Năm 1871, sở tham biện Bến Tre là một trong số 7 sở tham biện bị bãi bỏ để sáp nhập với sở tham biện Mỏ Cày (đầu tiên là tham biện Sylvestre). Ngày 2 tháng 9 năm 1871, sở tham biện Mỏ Cày dời lỵ sở về chỗ cũ bên rạch Bến Tre.

Ngày 1 tháng 1 năm 1900, Pháp bỏ sở tham biện để thành lập tỉnh Bến Tre, tỉnh lỵ Bến Tre được nâng cấp từ sở lỵ sở tham biện Mỏ Cày trước đó.

Ngày 22 tháng 10 năm 1956 tỉnh Bến Tre đổi tên thành tỉnh Kiến Hòa, Tổng thống Việt Nam Cộng hòa Ngô Đình Diệm ban hành Sắc lệnh số 143-NV để thay đổi địa giới và tên Đô thành Sài Gòn – Chợ Lớn cùng các tỉnh và tỉnh lỵ tại Việt Nam. Địa giới và địa danh các tỉnh ở miền Nam thay đổi nhiều, một số tỉnh mới được thành lập. Theo Sắc lệnh này, địa phận Nam Phần của Việt Nam Cộng Hoà gồm Đô thành Sài Gòn và 22 tỉnh. Lúc này, tỉnh Kiến Hòa được thành lập trên phần đất của tỉnh Bến Tre trước đó; còn tỉnh lỵ lại bị đổi tên là "Trúc Giang", về mặt hành chánh thuộc xã An Hội, quận Trúc Giang.

Thời Việt Nam Cộng hòa, quận Trúc Giang được thành lập do đổi tên từ quận Châu Thành trước đó, gồm có 3 tổng.

Sau năm 1965, các tổng giải thể.

Ngày 26 tháng 5 năm 1966, sáp nhập xã Sơn Đông tách từ quận Hàm Long và xã Nhơn Thạnh tách từ quận Giồng Trôm vào quận Trúc Giang.

Sau ngày 30 tháng 4 năm 1975, tỉnh Bến Tre mới được tái lập, quận Trúc Giang bị giải thể và xã An Hội thuộc huyện Châu Thành, tỉnh Bến Tre.

Từ năm 1976 đến nay

Sau năm 1976, tách xã An Hội thuộc huyện Châu Thành để thành lập thị xã Bến Tre bao gồm 5 phường: 1, 2, 3, 4, 5 và 6 xã: An Hòa, Bình Nguyên, Bình Phú, Mỹ Hoá, Mỹ Thạnh An, Phú Khương.

Ngày 14 tháng 3 năm 1984, Quyết định số 41-HĐBT phân vạch địa giới một số xã, thị trấn, thị xã thuộc tỉnh Bến Tre do Hội đồng Bộ trưởng ban hành[2], giải thể 3 xã Bình Nguyên, Mỹ Hoá, An Hòa để thành lập 3 phường là 6, 7, 8.

Ngày 15 tháng 3 năm 1984, được sáp nhập thêm các xã Nhơn Thạnh, Phú Nhuận tách từ huyện Giồng Trôm, xã Phú Hưng tách từ huyện Châu Thành[3].

Ngày 11 tháng 4 năm 1985, tách xã Sơn Đông của huyện Châu Thành nhập vào thị xã Bến Tre[4].

Ngày 25 tháng 6 năm 1999, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 41/1999/NĐ-CP[5], chuyển xã Phú Khương thành phường Phú Khương. Thị xã Bến Tre có 9 phường: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, Phú Khương và 6 xã: Bình Phú, Mỹ Thạnh An, Nhơn Thạnh, Phú Hưng, Phú Nhuận, Sơn Đông.

Ngày 9 tháng 8 năm 2007, thị xã Bến Tre được công nhận là đô thị loại III.

Ngày 9 tháng 2 năm 2009, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 08/NĐ-CP[6], thành lập phường Phú Tân từ một phần diện tích và dân số của phường Phú Khương. Lúc này, thị xã có 10 phường và 6 xã.

Ngày 11 tháng 8 năm 2009, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết số 34/2009/NQ-CP về việc thành lập thành phố Bến Tre trực thuộc tỉnh Bến Tre trên cơ sở toàn bộ diện tích tự nhiên, dân số và hành chính của thị xã Bến Tre. Tiếp đến, ngày 2 tháng 9 năm 2009, Ủy ban Nhân dân tỉnh Bến Tre đã làm lễ công bố Nghị quyết 34, thị xã Bến Tre chính thức trở thành thành phố Bến Tre.[7]

Ngày 5 tháng 4 năm 2013, Chính phủ ra Nghị quyết số 49/NQ-CP[8] điều chỉnh địa giới hành chính huyện Châu Thành để mở rộng địa giới hành chính thành phố Bến Tre. Theo đó, chuyển xã Mỹ Thành thuộc huyện Châu Thành về thành phố Bến Tre quản lý. Thành phố Bến Tre có 10 phường và 7 xã.

Ngày 13 tháng 2 năm 2019, Thủ tướng Chính phủ ký quyết định số 174/QĐ-TTg công nhận thành phố Bến Tre là đô thị loại II [9].

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, sáp nhập phường 1, phường 2 và phường 3 thành phường An Hội; sáp nhập xã Mỹ Thành vào xã Bình Phú.[10]

Thành phố Bến Tre có 8 phường và 6 xã như hiện nay.